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Manifestation d’intention AAP 2024-10 Référentiels Franciliens

MAtériels d’eXtraction et de quantification pour un Référentiel moléculaire - MAeXRef

Le Service de Systématique Moléculaire (SSM) est un plateau technique de l’UAR2AD 2700 situé sur le site du Jardin des Plantes et de la station Marine de Concarneau, faisant partie du Muséum National d’Histoire Naturelle (MNHN) et de la plateforme analytique du muséum (PAM). Le plateau technique est accessible à tous (unités du MNHN, autres EPST et laboratoire privés). Il accueille tout projet nécessitant l’utilisation d’outils dédiés à la biologie moléculaire. Il offre des installations permettant l’extraction d’ADN d’échantillons récents ou de collection et fourni des offres de séquençage nouvelle génération (NGS) mutualisé afin d’en réduire les coûts.
Afin de suivre l’évolution de la biodiversité actuelle et passée, plusieurs approches (barcoding ADN, metabarcoding, ADN environnemental) nécessitent l’accès à un référentiel taxonomique moléculaire complet et fiable : une base de données moléculaire de séquences reliées à des spécimens bien identifiés et de préférence conservés en collection. Grâce à l’infrastructure déjà disponible au SSM et aux compétences techniques que le plateau peut fournir, le SSM est au cœur du projet d’établissement du MNHN de référentiel taxonomique moléculaire français. Ce référentiel sera connecté à TAXREF, un référentiel national nomenclatural et taxonomique de la faune et flore ; il s’inscrit dans la Stratégie Nationale Biodiversité 2030 (SNB). La production de données moléculaires pour le développement de ce référentiel, notamment avec la contribution des spécialistes des différents groupes taxonomiques, nécessite l'accès à des d'équipements de laboratoire.
Dans ce cadre, afin de fournir les équipements nécessaires à la réalisation de tous les projets de référentiels moléculaires, nous cherchons à acquérir des équipements complémentaires pour accroître nos capacités d’acquisition de données moléculaires. Nous nous proposons d’acquérir une PCR quantitative (nécessaire à la préparation des banques pour le NGS, indispensable pour le séquençage des spécimens déjà en collection, en particulier les types) et un thermomixer (nécessaire pour extraire les ADN).
Le complément des équipements de notre infrastructure permettra d’accompagner plus efficacement le projet de référentiel taxonomique moléculaire qui permettra à tous ses utilisateurs publics et privés l'accès à une ressource faisant référence pour l'identification moléculaire de la biodiversité française. Si vous êtes intéressés pour vous joindre à notre projet d’acquisition d’équipement contactez-nous sur : ssm-contact@mnhn.fr

Agnès DETTAÏ : Coordinatrice scientifique
Stéphanie GHISLIN : Responsable technique du SSM
Rodolphe ROUGERIE : Responsable du référentiel taxonomique